Koncom 15. a začiatkom 16. storočia zbehol sa celý rad dôležitých udalostí, a preto história považuje túto dobu za rozhranie stredného a nového veku. Nastali otrasy v štáte i Cirkvi, ktorú dosiaľ tesné putá spájali s lénnou organizáciou štátu. Zmena nastávala sprvu tichým tempom, ale rozpútaný náboženský spor vyvolaný Lutherom najviac otriasol Európou, privádzajúc i do našich krajov zmätok, krízu a nestabilitu.
Všetky tieto veci mali odozvu, síce nie takých rozmerov i na pôde Oravy. Vedúcimi činiteľmi a hlavnými aktérmi boli u nás majitelia hradu Turzovci. Drobní mešťania a sedliaci nemali politický význam, ich osudy boli zložené do rúk pánov oravského hradu. Oni si privlastňovali aj právo nútiť poddaných prijať vieru, ktorú vyznáva zemepán. „Tzv. reformačné právo „ius reformationis“ dovoľovalo pánom, vrchnostiam upravovať náboženstvo poddaných. A preto v náboženských veciach podľa všeobecnej zásady platilo: „Cuius regio, eius religio“ (t.j. koho panstvo, toho náboženstvo).“ (Kavuljak Andrej, 1955, s.21)
V tomto období Orava patrila k nitrianskemu arcidiakonátu a v rokoch 1559 – 1560 tu prebehla vizitácia fár. Ako sa uvádza v správe „vizitátor musel konštatovať že v oravských farách je ženatý a sviatosti podáva pod obidvoma spôsobmi.“ (Kavuljak Andrej, 1955, s.21) To znamenalo, že rímskokatolícke fary boli obsadzované farármi, ktorých ani zďaleka nemožno pokladať za stúpencov katolicizmu. Turzovci naschvál posielali katolíckemu ľudu evanjelických kňazov, veď sami boli evanjelici, zakladali evanjelické fary, dávali študovať kňazov do Wittenbergu. Obyvateľstvo sa proti tomu často búrilo. Nepomohli ani pokuty, ani trestné výpravy. Ostali verní katolíckej viere. (Šmálik, Š., rukopis)
No napriek tomu sa reformácia dotkla všetkých obcí, veď aj sama Čimhová, ktorá bola baštou katolíkov mala v tomto období „52 katolíkov a 286 evanjelikov.“ (Archív Oravského zámku, f.198, č.211)
V polovici 17. storočia svitli lepšie časy pre Oravu. Pod ochranou kráľa Ferdinanda III. prišiel na Oravu „v roku 1645 všetkými plnomocenstvami vystrojený misionár, vodca protireformačného hnutia na Orave Ján Sczechowicz, rodák z poľskej dediny Ratulov, farár všetkých oravských katolíkov“. (Farský archív 1881-2001)
Prvé útočište našiel v Čimhovej na majetku katolíckej línii Platthých. Z tadiaľ vysielal pomocníkov, zväčša poľských mníchov, do starých fár oravských, zveriac jednému dve i tri fary a ustanoviac k výpomoci tzv. licentiatov. „ Od Platthyovcov si vzal jednu raľu do nájmu na tejto rali postavili v roku 1653 drevený kostolík. Z tých čias pochádza zvon s nápisom roku 1653.“ (Kavuljak Andrej, 1955, s.76)
Kostolík od začiatku plnil svoju funkciu dostatočne dobre, ako sa uvádza už v spomenutej kanonickej evanjelickej vizitácii superintendenta Joachima Kalinku: „ byl vystaven papežsky kostel Čimhové, kam mnohé dědiny ku všem obradům cirkevním pristupují.“ (Šmálik, Š., rukopis) Z toho vyplýva že na Orave prebiehala vlna reformácie takmer súčasne s protireformáciou súčasne a Čimhová tu zohrala dôležitú úlohu ako protireformačné centrum. Čimhová bola neskôr cirkevne pripojená k Trstenej a tiež tu patrili dedinky Suchá Hora, Hladovka, Vitanová, Liesek, Brezovica, Chyžné, Ústie, Osada, Hámre.
V katolíckych novinách z roku 1888 sa spomína že: „v roku 1659 poručil Ján Sczechovics sto toliarov farárom Rabčanským a druhých sto toliarov farárom Čimhovským.“ (Dopisy, 1888, s.101) Čimhová však vtedajších okolnostiach nemala v sebe dostatok síl vzrásť na samostatnú faru a zostala filiálkou Trstenej až do roku 1786 kedy sa stala samostatnou farnosťou ku ktorej bola pripojená (cirkevne) obec Liesek. Nový čimhovský kostol bol vystavaný v r. 1774.
V súčasnosti kostol prešiel pomerne rozsiahlou rekonštrukciou a 22. júla 2012 bol konsekrovaný po obnovení. Podľa historických prameňov tento kostol nebol ešte konsekrovaný.